Заключительный этап собственно каменного века представлен неолитом (ново-каменным веком). Неолит охватывает четвертый и начало пятого климатических периодов, т. е. теплый и влажный атлантический (5500 - 2000 гг. до н.э.) и начало сухого, но по-прежнему теплого суббореального, длившегося до 1000 г. до н. э. В целом же интервал времени 8000 - 5000 лет назад характеризовался оптимальным сочетанием тепла и влаги, причем атмосферная увлажненность была самой высокой за весь голоцен.

Для установления принципиальной границы между мезолитом и неолитом можно выделить несколько признаков:

1. Новые техники изготовления каменных орудий. На территории Южного Урала сохраняются и продолжают преобладать старые приемы обработки камня. Продолжала существовать техника двухсторонней оббивки, техника скола, ретушь. Широко распространились такие способы обработки камня, как шлифование, пиление и заточка камня, преобладала пластинчатая индустрия. Вязкие породы камня прекрасно обрабатываются шлифовкой, которую стали использовать и при изготовлении кремневых орудий. Заготовки, полученные путем оббивки или техникой скола, шлифовали на плоском камне, подсыпая мокрый песок, который и был шлифующим материалом. Встречаются всевозможные скребки, ножи из крупных пластин. Обычны проколки, сверла и другие мелкие орудия. В число важнейших орудий в неолите входит топор, каменные долота, стамески, тесла, дифференциации которых способствовала новая техника обработки камня - шлифовка и затачивание.
2. Использование обожженной керамики. Неолитические сосуды имели полуяйцевидную форму с острым дном и слегка суженным горлом. Сосуды обычно изготавливались из глины с примесью песка и талька. По характеру орнамента, сплошь покрывающего поверхность, неолитическая керамика Южного Урала четко делится на два типа – зауральский и приуральский.
3. Переход к формам производящего хозяйства и оседлости.

Жилища являются одним из наиболее информативных видов древних сооружений. По форме и структуре жилища можно судить о культурных традициях, хозяйственной деятельности и социальных отношениях у древнего населения. Судя по найденным археологами материалам, к концу эпохи в жизни неолитических племен Южного Урала происходят значительные изменения. При раскопках стоянки Суртанды-VIII обнаружены жилища поздненеолитического времени. Так же остатки жилищ обнаружены на поселениях Давлеканово и Бельская 1. В целом, для поздненеолитических жилищ характерны следующие черты: подчетырехугольная форма, средняя углубленность в грунт и отсутствие долговременных очагов. На поселениях Давлеканово I-II, Муллино I-II в результате стационарных раскопок были найдены многочисленные кости лошади, крупного и мелкого рогатого скота, отнесенные палеозоологами к домашним видам. Хорошо известно, что как мелкий, так и крупный рогатый скот, который мог бы быть предком домашнего, здесь никогда не водился, и он является надежным индикатором наличия домашнего скотоводства на Южном Урале и в Предуралье, по меньшей мере, еще в неолите. Кости домашних животных далеко не всегда равномерно встречаются в слоях неолитических поселений, что, могло свидетельствовать о зарождении определенной скотоводческой специализации ряда племен. Так, на поселении Юбилейное 66,6% занимают кости крупного рогатого скота и 33,4% - мелкого, а костей лошади очень мало. Нет их в слое поселений Карабалыкты-VIII и Суртанды-I.

4. Почти все неолитические памятники Башкирии располагались непосредственно у воды, на невысоких берегах рек и озер. Большинство исследователей приходят к мнению, что ведущая роль в хозяйстве принадлежала охоте и рыболовству. Безусловно, в эпоху неолита южноуральское население, по-прежнему, активно использовало и «дары природы», продолжая вести и присваивающее хозяйство (охота, рыболовство, собирательство). Следы занятия охотой неолитическими племенами очень многочисленны. Так, на поселении Муллино-II обнаружены кости лося, медведя, бобра, лисы и северного оленя. Здесь же найдены кости черепахи. Охотились также на зайца, волка, барсука, куницу, крота и сурков. На восточном склоне Южного Урала в неолитических слоях поселений найдены кости северного оленя и косули, но абсолютно преобладает лось.
5. Сфера взаимодействия культурных традиций и их взаимовлияния в контактных районах. На Южном Урале, разделенном горным массивом, исследователи выделяют две культурные области: для неолита – приуральская и зауральская (камская и чебаркульская), для энеолита – агидельская и суртандинская (съезжинская и кысыкульскао-суртандинская). Племена этих двух этнокультурных областей, представители которых обитали в эпоху неолита и энеолита на Южном Урале, по мнению Г.Н. Матюшина, обитали довольно обособленно друг от друга.

Итак, на данный момент наиболее исследованными территориями остаются Приуралье и Зауралье. На территории Зауралья были плотно заселены были озера, расположенные в зоне яшмового пояса (Узункуль, Карабалыкты, Сабакты, Банное, Чебаркуль, Суртанды, и др.). К примеру, только на озере Чебаркуль и практически на всех его островах обнаружено около 20 стоянок каменного века. Часть стоянок исследована и материалы опубликованы. Также большое скопление памятников отмечается на реках Юрюзани и Ай. Найдены стоянки на реках юго-восточной части Южного Урала, на р. Сагылузяк, Ургаза. К числу известных зауральских памятников относятся: Березки, Сабакты III, Карабатыкты VIII, Суртанды II, Мурат и мн. др. На Южном Урале исследованы кремнобрабатывающие мастерские - Усть-Юрюзанская, Учалинская, Карагайлы I расположенные у выходов сырья. Археологические работы на озерах Зауралья начались в 30-50-хгг XXв. Н.П. Кипарисовой, К.В. Сальниковым, продолжились в 60-70-е гг. Л.Я. Крижевской и Г.Н. Матюшиным, далее работу продолжили Е.М. Беспрозванный, В.С. Мосин, А.Ф. Шорин и др.

Приуралье, где почти отсутствуют озера и нет выходов хорошего кремня, заселено было более слабо. Приуральские памятники располагаются по берегам рр. Белой и Уфы, они исследовались Л.Я. Крижевской (Усть-Юрюзанская ст.), Г.Н. Матюшиным (Давлекановское поселение и др.), Ю.А. Морозовым. В горно-лесной зоне также проводились работы, но, к сожалению, эпизодические и ограниченные, как правило, охранными работами в зонах строительств водохранилищ (Павловского, Иштугановского и Юмагузинского). Исключением являются работы на памятниках островной Месягутовской лесостепи и некоторых памятниках верховьев р. Белой.

Сосуд. Эпоха неолита. Ново-Калкашские курганы. Стерлибашевский район Республики Башкортостан. Раскопки И.М. Акбулатова 1990 г. Национальный музей Республики Башкортостан

Петроглифы Мурадымавской пещеры. Кугарчинский район Республики Башкортостан (фото к.и.н. В.Г.Котова)

Фигурная галька. Грот Археологов, Кугарчинский район Республики Башкортостан (фото к.и.н. В.Г. Котова)